Eskişehir’de manifatura ticaret ile uğraşan Abdullah Efendi’nin (Abdülkerim) oğludur. İlk öğrenimini doğduğu yerde tamamladı. Ardından Eskişehir Liva İdadisi (Lisesi)’nde ve İstanbul Boğaziçi Rehber-i İttihad ve Menbaul İrfan İdadisi’nde öğrenim gördü. Girdiği İstanbul Üniversitesi Tıp Fakültesi’ni bitirdikten (1922) sonra 1922-24 yılları arasında Münih, Hamburg ve Viyana üniversitelerinde uzmanlık eğitimi görerek emraz-i akliye (ruh ve sinir hastalıkları) uzmanı oldu.
Yurda dönüşünde İstanbul Asabiye ve Akliye Hastanesi Ruhiyat Laboratuvarı Şefi oldu. Öğrencilik yıllarında Milliyetçi ve Ahrar gazetelerini çıkarmıştı. 1926’da Tıp Fakültesi Seririyat-ı Akliye (Sinir Hastalıkları Kliniği)’de doçent, 1933 üniversite reformu sırasında profesör oldu, 1942 yılında ordinaryüs profesörlüğe yükseldi. Sağlık ve Milli Eğitim şûraları üyeliklerinde, Türkiye Kızılay ve Yeşilay dernekleri başkanlıkları ile Türkiye Sosyal Psikiyatri Derneği’nin kuruculuğu ve başkanlığı gibi sivil toplum örgütlerinde hizmetleri oldu.
Fahrettin Kerim Gökay, “Yeşilaycılık” konusundaki etkili çalışmalarıyla da ünlüdür. Yeşilay Cemiyeti Genel Sekreterliği ve Başkanlığı görevlerinde bulunu. Döneminde, alkollü içkiyle mücadelenin simgesi durumuna gelmiş; gerek yurtta, gerekse yurtdışındaki birçok cemiyet ve kongrelerde faal görevlerde bulunmuş ve uluslararası kongrelere katılmıştır.
İstanbul valiliği ve belediye başkanlığı sırasında esnafı sık sık denetleyerek fiyatları indirme, sarhoşları kent dışına çıkarma gibi ilginç uygulamalarıyla da gündemde kalan bir devlet adamı oldu. “Tanzim satış” faaliyetleri İstanbul’da ilk kez onun döneminde başladı ve bu bağlamda Migros onun döneminde açıldı. Zeytinburnu ile Kazlıçeşme’nin imar planları onun döneminde yapıldı ve bu semtler onun zamanında şehirleşti. Ayrıca İstanbul’da elliye yakın okul yaptırdı. Özellikle tarihi ve turistik güzergâhlardaki yolların yapımına özel bir önem verdi.
İkinci Elmalı Bendi’nin temelini atarak İstanbul’un Anadolu yakasının su potansiyelini artırdı. Terkos-Kağıthane arasındaki iletişim hattının döşenmesini sağladı. Böylece birçok çeşmeye su verilebildi. İstanbul’un 500’üncü fetih yıldönümü nedeniyle tarihi ve anıtsal yapıları ilk kez gece aydınlatıldı. Fatih Külliyesi, Süleymaniye Camisi, Murat Paşa Camisi, İvaz Efendi Camisi, Saliha Sultan Sebili onarıldı. Eyüp Sultan Camisi’nin çevresindeki dükkânlar yıkılarak meydan açıldı, böylece cami ortaya çıkartıldı. Yapımı yedi yıl süren Saraçhane’deki Belediye Sarayı’nın temeli de Gökay’ın döneminde atıldı. İstanbul’da klakson çalma yasağı getiren ilk belediye başkanı oldu. İçki ve sigara karşıtı kampanyalar yaptı. Çevresine zarar veren sarhoşlara karşı çok sert önlemler aldı.
Üsküdar ile Kadıköy’de adını taşıyan önemli iki cadde bulunmaktadır. “Halk plajlara akın etti, vatandaş denize giremiyor” diyerek dönemin elitlerinin Türk toplumuna bakışını gösteren kült cümlelerden birini bizlere armağan etmişti. Azınlıkların işyerlerinin yıkılıp yağmalandığı “6-7 Eylül 1955 Olayları” karşısında yetersiz kalması nedeniyle, o günlerde İstanbul’da bulunan ve olayların başlangıcında “Milli Gençliğin Kıyamı” tabirini kullanan İçişleri Bakanı Namık Gedik ile birlikte istifa etmek durumunda kalmıştı.
Ord. Prof. Dr. Fahrettin Kerim Gökay, 1965 yılında siyasetten çekildi ve zamanını evinin bahçesindeki gülleri yetiştirerek geçirmeye başladı. 22 Temmuz 1987’de çok sevdiği İstanbul’da vefat etti. Halk tarafından çok sevilen ve kısa boyu dolayısıyla hakkında “Mini mini valimiz, ne olacak halimiz?” tekerlemesi üretilmişti. Önemli bir serveti olan Fahrettin Kerim Gökay’ın terekesinde 630 parça tapu bulunuyordu. Tüm varlığını kendi adını taşıyan vakfa bırakmıştır. İstanbul Sefaköy’de adının verildiği Fahrettin Kerim Gökay Anadolu Lisesi bulunmaktadır. Ayrıca İstanbul Bakırköy’de Ruh ve Sinir Hastalıkları Hastahanesi Bitam’da adının verildiği Fahrettin Kerim Gökay Pavyonu vardır. Basılmış basılmamış elliye yakın eseri bulunmaktadır.
